O bootloader nada mais é que o programa de inicialização do Arduino. O microcontrolador ATMega328 possui uma memória interna que é utilizada para o carregamento do programa. Porém, o CI quando é novo vem sem programa nenhum, pois é o desenvolver/projetista que vai definir o que o microcontrolador deve fazer.
A questão é, como jogar o programa de inicialização (bootloader) dentro do CI? Existem várias formas de se fazer isso. No Arduino Uno/Duemilanove/Mega o responsável por essa tarefa é a própria IDE que, em conjunto com o CI FTDI, executa essa tarefa.
No formato Standalone, como não se tem o CI na placa, é preciso fazer a transmissão do programa utilizando uma das portas/interface de saída do computador. As 3 formas possíveis são: via USB, porta serial ou porta paralela. Para cada porta existe um método diferente que pode ser utilizado. Cada uma dessas formas utiliza um cabo específico e alguns componentes eletrônicos para a transferência do sinal.
Utilizando o Ubuntu (ou uma distribuição Linux) fica fácil o controle sobre as portas/interfaces.
Abaixo mais informações sobre o bootloader e como fazer a gravação do CI.
http://marceloboah.blogspot.com/2011/02/ftdi-novas-tecnologias.html
http://artesanato.devolts.org/?page_id=267
http://www.arduino.cc/en/Hacking/ParallelProgrammer
http://artesanato.devolts.org/?page_id=267
http://www.labdegaragem.com.br/wiki/index.php?title=Gravando_o_Bootloader
http://www.dl1dow.de/inhalt/arduino/bootloader/e_arduino_bootloader.htm
http://www.arduino.cc/cgi-bin/yabb2/YaBB.pl?num=1253127933
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